Управувањето со компанијата е организирано според едностепен систем (Одбор на директори). Во име на акционерите, Одборот на директори го надгледува управувањето на работењето и дејствувањето на компанијата. Одборот делува како највисоко тело при донесување одлуки, освен за прашања што се во надлежност на Собранието на акционери. Членовите на Одборот на директори ги избира Собранието на акционери. Тоа се индивидуалци кои поседуваат висок интегритет, вистински го разбираат бизнисот и ги штитат интересите на акционерите. Мандатот на членовите на Одборот изнесува 4 години, без ограничување на правото на реизбор. Одборот на директори на ТОБАКО го сочинуваат 4 члена, од кои 3 се неизвршни и 1 е извршен. Извршниот член на Одборот е и Главен извршен директор на компанијата. Од неизвршните членови, 2 се независни. Постојниот состав на Одборот го сочинуваат членови кои се експерти во областа на правото, финансиите и прашања специфични за бизнисот на компанијата.
Одборот има формирано Комисија за финансии чија улога е да го надгледува финансиското работење на компанијата, да врши проценка на финансиските активности, политиките и стратегијата, превземањата и спојувањата, финансирањето и структурата на капиталот на компанијата и нејзините придружници. За потребите на Одборот таа изготвува извештаи и препораки врзани за овие прашања.
Одборот има формирано и Служба за внатрешна ревизија која делува како независна функција и по пат на испитување и оценување врши проценка на соодветноста и ефективноста на системите за внатрешна контрола, управувањето со ризиците и перформансите на компанијата. Целта е да го поддржи Одборот и менаџментот во ефективното исполнување на нивните обврски снабдувајќи ги со анализи, проценки, препораки, совети и информации за активностите кои се надлежност на внатрешната ревизија промовирајќи ефективна контрола и стабилна деловна практика.
Во 2010 година, во соработка со IFC (International Finance Corporation) беше реализиран проект за имплементирање на добри практики на корпоративно управување во согласност со современите светски трендови. Овој проект, како и други активности кои ТОБАКО ги спроведе и ги спроведува, носат дополнителна вредност за постојните и идните инвеститори.
